El nombre de "El Niño" se debe a pescadores del puerto de Paita al norte de Perú que observaron que las aguas del sistema de Corrientes Peruana ó Corriente de Humboldt, que corre de sur a norte frente a las costas de Peru y Chile, se calentaban en la época de las fiestas navideñas y los cardúmenes o banco de peces huían hacia el sur, debido a una corriente caliente procedente del Golfo de Guayaquil (Ecuador). A este fenómeno le dieron el nombre de Corriente del Niño, por el Niño Jesús. El nombre científico del fenómeno es Oscilación del Sur El Niño (El Niño-Southern Oscillation,

ENSO, por sus siglas en inglés). Es un fenómeno con más de once milenios de historia climática